隨著成本穩(wěn)步下降，二代測序 NGS變逐漸增多，但如果經(jīng)常使用，它仍然是一種成本昂貴的工具。其實(shí)在實(shí)驗(yàn)室中，掌控好以下幾個環(huán)節(jié)也是可以節(jié)省 NGS 的總體成本的。這里提供一些關(guān)于降低二代測序 -NGS成本的方法可供參考。
1. 樣品質(zhì)量控制
樣本的質(zhì)量直接關(guān)乎到二代測成本，質(zhì)量較差的樣本，會間接增加測序步驟和處理時(shí)間。所以，降低成本的簡單方法之一就是從樣品提取開始，通過部署于樣品類型和目標(biāo)核酸的樣品純化方法，來確保用于下游分析的核酸純度和產(chǎn)量。NGS文庫制備過程中發(fā)生的酶促反應(yīng)對所用樣品的數(shù)量和質(zhì)量較敏感。因此，量化樣本（通過 qPCR、熒光定量或核酸電泳等方法量化樣本是一個重要步驟，尤其是對于具有挑戰(zhàn)性的樣本，例如固定組織、污染或低豐度樣本。
2. 選擇正確的文庫制備方法
羅氏認(rèn)為，為預(yù)期的下游測序應(yīng)用選擇正確的文庫制備方法也是降低 二代測序NGS 成本的主要措施。例如，如果測序目的只是篩選變異基因，那么只需要選擇對目標(biāo)基因組編碼區(qū)域進(jìn)行富集和測序，需要測序樣本總量也較少，從而允許每個用于測序運(yùn)行的流動槽內(nèi)獲得較多的樣品，這樣可以提升生成的數(shù)據(jù)質(zhì)量由此節(jié)約總體成本。 通過反復(fù)試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)這種策略比全基因組測序成本低，因?yàn)槿蚪M測序需要對每個樣本進(jìn)行復(fù)雜的測序。另外文庫制備工具包也可以幫助您降低成本。選擇一種快速、可靠的文庫制備方法來制備類似樣品類型將減少手動操作時(shí)間以及重復(fù)失敗樣品的需要，如果采用了合適的方法，就可以空出人員和實(shí)驗(yàn)室設(shè)備來執(zhí)行其它復(fù)雜的 NGS 。在這個過程中可以使用一些試劑盒以到無 PCR 版本無需文庫擴(kuò)增，這樣可以節(jié)省較多時(shí)間。
3. NGS樣本 QC，文庫 QC 和文庫池
樣本 QC，文庫 QC 和文庫池是額外的重要措施，如果實(shí)施得當(dāng)，也可以幫助降低 NGS 成本。但是，樣本庫的不正確匯集可能會產(chǎn)生每個樣本的序列讀取覆蓋率可變（不平衡）的測序運(yùn)行，需要在分析過程中對讀取進(jìn)行生物信息下采樣并浪費(fèi)測序讀取，因此，QC 措施有助于確保您對質(zhì)量較高的文庫進(jìn)行測序，從而降低 NGS 成本。降低二代測序 -NGS成本的方法上面提到的使用 qPCR、熒光法或電泳方法對NGS 文庫進(jìn)行量化是匯集和測序之前的關(guān)鍵步驟，在這一步準(zhǔn)確控制文庫的數(shù)量將對測序覆蓋深度、樣品均勻性和流動池聚類產(chǎn)生積極影響。
4. 了解測序質(zhì)量指標(biāo)
通過了解測序質(zhì)量和數(shù)據(jù)分析的指標(biāo)來優(yōu)化您的 NGS 工作流程，這有助于提高數(shù)據(jù)質(zhì)量。糟糕的測序質(zhì)量指標(biāo)將減少測序運(yùn)行的整體可用數(shù)據(jù)，這意味著需要額外進(jìn)行成本昂貴的測序，所以，了解數(shù)據(jù)分析指標(biāo)有助于研究人員確定實(shí)驗(yàn)試劑和工作流程，以生成較高質(zhì)量的數(shù)據(jù)來回饋實(shí)驗(yàn)。
5. 不要過度排序或排序不足
從每次測序讀取中獲取盡可能多的信息還可以通過避免對您的文庫進(jìn)行過度或不足測序來降低成本。過度測序會導(dǎo)致明顯的不必要的浪費(fèi)。
6.使用多路復(fù)用和自動化
盡可能多路復(fù)用 NGS 樣本是也是節(jié)約二代測序NGS的方法之一。這可能需要對索引方案進(jìn)行一些協(xié)調(diào)，使用自動化測序的實(shí)驗(yàn)室設(shè)備有助于消減人工成本及人為錯誤，雖然購買和優(yōu)化這樣一個系統(tǒng)的前期成本較高，但如果可以容忍費(fèi)用，那么隨著時(shí)間的推移，節(jié)省的時(shí)間、增加的可重復(fù)性將抵消初始成本。
7.定期評估工作流程、實(shí)驗(yàn)試劑和NGS技術(shù)
定期重新評估工作流程、試劑和技術(shù)也可以節(jié)省時(shí)間和金錢。您的實(shí)驗(yàn)室的樣品通量可能會隨著時(shí)間的推移而增加，一些新型的文庫定量試劑盒可以提升 NGS 文庫制備效率。比如：tiangen系列的TIANSeq 文庫定量試劑盒，適用于illumina平臺的NR102-TIANSeq快速 RNA文庫構(gòu)建試劑盒等。
蘇州阿爾法生物十三年專注于生物實(shí)驗(yàn)室設(shè)備及實(shí)驗(yàn)室耗材供應(yīng)，PCR及NGS相關(guān)產(chǎn)品包括PCR儀器、快速PCR儀、熒光定量PCR、NGS試劑盒、質(zhì)粒小提試劑盒、RNA提取試劑盒等。
